Criado em 1975, na FMUSP, e incorporado ao HCFMUSP em 1977, o LIM é o braço para o desenvolvimento da pesquisa científica. Padroniza novas técnicas e métodos de diagnóstico; promove a formação de pesquisadores em pesquisa básica e aplicada; serve como campo de ensino, desenvolvimento e treinamento para profissionais da saúde e estudantes de nível superior; e realiza cursos no campo da medicina e da saúde.
O LIM possui 66 unidades e conta com mais de 200 grupos que desenvolvem pesquisa em diferentes campos das Ciências da Saúde. Sua produção científica é desenvolvida nos Institutos e representa 4,1% da publicação brasileira e 2,2% da publicação latino-americana nas áreas de saúde e ciências biomédicas, segundo dados do Ministério da Ciência e Tecnologia.