Neste Instituto, a alta direção do Complexo HCFMUSP (composta pelo Conselho Deliberativo, Diretoria Clínica e Superintendência) integra a saúde e a gestão através da promoção de ensino da gestão assistencial, capacitação de novos líderes, aprimoramento de processos e incorporação de novas tecnologias voltadas para a gestão da saúde. O Instituto impulsionará a pesquisa em gestão, além de oferecer serviços de consultoria, contribuindo para a melhoria da saúde, promoção da saúde e formulação de políticas públicas.